На волне возобновления работы института военного духовенства с 2000 по 2002 гг. при Академии ПВО был возведён небольшой деревянный храм Меркурия Смоленского, именованный так в силу местного воина, которого церковь возвела в ранг святых за его подвиг при защите города. Инициатива исходила от генерал-полковника В.К. Черткова. Прямое участие в строительстве принимали учащиеся академии, а сбор средств производился в офицерской среде и силами спонсоров. Рядом с основным зданием была построена и колокольня. Церковь находится в ведении Смоленской епархии.
Настоятель храма — протоиерей Владимир — входит в штат образовательного заведения, а работа с курсантами по нравственным и духовным вопросам в рамках учебной программы ведётся уже 10 лет. Освящается оружие. Также проходят освящение выпускники академии, которые должны продолжить службу.
При церкви Меркурия Смоленского активно работает реабилитационный центр для сирот и ребят из неблагополучных семей.